Conforme o Regimento Geral da UFPA (Art. 7º, § 8º), cada curso ofertado pela Unidade deverá ter o seu órgão colegiado, subordinado ao Conselho da Unidade. Os colegiados dos cursos são compostos, em princípio, por todos os professores que neles atuam. Considerando-se o que dispõe o Catálogo Nacional dos Cursos Técnicos (CNCT), haveria apenas três colegiados na EMUFPA: o do Curso Técnico em Instrumento Musical (para todas os instrumentos), o do Curso Técnico em Canto (para todos os perfis de cantores) e o do Curso Técnico em Composição e Arranjo. No entanto, as especificidades de cada instrumento / perfil, somadas ao histórico organizacional da Escola (anteriormente estruturada em núcleos de atividades relacionados aos aspectos da classificação organológica dos instrumentos e ao tipo de atividade desenvolvida pelo aluno) e considerando-se as necessidades práticas de deliberação coletiva no âmbito de cada curso, indicaram a necessidade de adaptação da concepção de colegiado. Assim, os Colegiados da EMUFPA organizam-se em torno às especificações das diferentes habilitações, mas permanecem vinculados aos cursos regulamentados pelo CNCT.

Colegiados da EMUFPA:

• Colegiado de Orquestra (vinculado ao Curso Técnico em Instrumento Musical
• Colegiado de Banda (vinculado ao Curso Técnico em Instrumento Musical)
• Colegiado de Piano (vinculado ao Curso Técnico em Instrumento Musical)
• Colegiado de Violão (vinculado ao Curso Técnico em Instrumento Musical)
• Colegiado de Música Popular (vinculado aos Cursos Técnicos em Instrumento Musical e Canto)
• Colegiado de Canto  (vinculado ao Curso Técnico em Canto)
• Colegiado de Composição e Arranjo (vinculado ao Curso Técnico em Composição e Arranjo)